La storia di Kanon, ambientata in pieno inverno, riguarda un gruppo di cinque ragazze che sono legate allo stesso ragazzo. Yuichi Aizawa, il protagonista principale, aveva visitato la città in cui si svolge la storia sette anni prima dell'inizio della storia.
All'inizio Yuichi è molto distaccato dalla città e dai suoi abitanti. Prima del suo ritorno, si decide di stare con suo cugino, Nayuki Minase, e sua madre, Akiko. Dopo la sua lunga assenza, Yuichi ha dimenticato quasi tutto tranne i piccoli dettagli di ciò che è accaduto sette anni prima e ha bisogno di essere ricordato di ciò che ha lasciato alle spalle.
Il giorno dopo il ritorno di Yuichi, è fuori con Nayuki che gli sta mostrando in giro per la città. Nayuki ricorda che deve comprare delle cose per cena e Yuichi è riluttante ad andare con lei, sostenendo che potrebbe perdersi. Qualche istante dopo che Nayuki lo ha lasciato ad aspettare sul marciapiede, una strana ragazza di nome Ayu Tsukimiya lo colpisce senza preavviso. Dopo essersi ripresa, lo trascina via in un bar vicino e confessa di aver rubato inavvertitamente una borsa piena di taiyaki dopo essere stata accidentalmente spaventata dal venditore prima che avesse la possibilità di pagare. Yuichi poi trascina Ayu di nuovo dal venditore, entrambi si scusano per il disturbo e Ayu viene perdonato. Decidono di incontrarsi di nuovo un altro giorno e Ayu se ne va.
All'inizio Yuichi non ne è consapevole, ma altre tre ragazze che aveva dimenticato gli hanno familiarità. Nel corso della storia, mentre viene a conoscenza delle sfumature soprannaturali della città, Yuichi viene ricordato a ogni ragazza e agli eventi di sette anni fa nella città coperta di neve.
