L'Impero di Britannia invase il Giappone usando gigantesche armi robotiche chiamate Knightmare Frames. Il Giappone fu ridotto all'Area 11, una colonia imperiale, e il suo popolo si chiamava Elevens. All'epoca, Lelouch, un giovane ragazzo britannico esiliato in Giappone, giurò al suo amico giapponese Suzaku che avrebbe distrutto la Britannia.
Anni dopo, Lelouch è uno studente delle superiori che salta regolarmente la scuola per giocare a scacchi e azzardo. Quando si imbatte in un gruppo terroristico di Elevens che viene catturato da una task force britannica dopo aver rubato un segreto militare, Lelouch si riunisce inaspettatamente a Suzaku, che lavora come membro dell'esercito britannico. Mentre il resto della task force arriva, Suzaku viene fucilato per aver disobbedito agli ordini, mentre il segreto militare, una giovane ragazza, dà a Lelouch il potere di obbligare chiunque a obbedire a qualsiasi ordine. Prendendo il comando dei terroristi, Lelouch adotta lo pseudonimo di "Zero" e inizia la sua ribellione per schiacciare la Britannia una volta per tutte. Tuttavia, il suo più grande amico diventa presto uno dei suoi nemici più preoccupanti quando Suzaku diventa il pilota del nuovo modello di prova di Britannia Knightmare, il Lancillotto.
Nota: la trama è leggermente diversa dall'anime.
