Questo manga si svolge in una scuola in cui gli studenti sono basati su shogun famosi nella storia giapponese. Sengoku Gakuen era una volta come una scuola normale ma Oda Nobunaga, il presidente studentesco rovesciò gli insegnanti e li rese praticamente impotenti. Ha costruito una scuola di studenti, per gli studenti e per gli studenti. Alla fine Nobunaga si è laureato e ha lasciato Hideyoshi in carica come presidente dello studente. Tuttavia, Hideyoshi abbandona presto la scuola per aiutare Nobunaga a governare il Giappone mentre governa Sengoku Gakuen.
La storia riprende qui mentre c'è una battaglia tra Ishida Mitsunari, un ragazzo teso e conservatore, ma laborioso, e Tokugawa Ieyasu, il presidente della scuola temporanea che ha molti seguaci, in lotta per il posto di presidente della scuola. Vediamo anche altre figure famose come compagni di studi come Ootani Yoshitsugu che segue fedelmente Mitsunari e Oichi, la sorella minore di Nobunaga. Chi vincerà la posizione di presidente del corpo studentesco e prenderà il comando della scuola?
